En el año 2016, las asociaciones Pirineo Bizirik, Txantxalan y Lan eta bizi, pertenecientes a los diferentes valles que conforman la comarca pirenaica de Navarra, expusieron al Parlamento de Navarra la necesidad de dedicar un tiempo a reflexionar y buscar soluciones para este territorio. Bajo el lema “5 minutos para el Pirineo Oriental”, la iniciativa fue avalada por miles de firmas.
Asimismo, se creó la Mesa del Pirineo, que agrupa y coordina a las entidades locales de la comarca, y dentro de cuyo esquema organizativo tienen cabida también los organismos sociales y ciudadanía de la zona.
El Parlamento de Navarra, para dar respuesta a esta iniciativa, impulsó una ponencia específica. Este trabajo fue respaldado también por Gobierno de Navarra, que encargó a Lursarea, Agencia Navarra del Territorio y la Sostenibilidad
(Nasuvinsa) la delimitación y priorización de las primeras acciones del nuevo Plan del Pirineo y la construcción de un modelo de gobernanza que integrara a todos los agentes participantes en el proyecto.
Desde el año 2023, es la Dirección General de Administración Local y Despoblación, de Gobierno de Navarra, quien se encarga del impulso y coordinación del proyecto, tras tomar el relevo a la D.G. de Proyectos Estratégicos, encargada de 2019 a 2023.
En junio de 2020 se aprobaban por la Asamblea del Pirineo, que es el órgano de gobierno integrado por Parlamento de Navarra, Gobierno de Navarra, Mesa del Pirineo (entidades locales), Nasuvinsa-Lursarea y Cederna-Garalur, los documentos que integran el Plan del Pirineo: Plan de Acción 2020, Plan de Gobernanza y Plan de Comunicación.